Flere som har fått tak i Playstation 3-versjonen av Prototype har problemer med å spillet det. Under installasjonen har enkelte fått en feilmelding om at det ikke er nok plass på harddisken, selv om det faktisk er nok ledig plass. En patch fra Activision er på vei, og Activision anbefaler alle inntil videre å forsikre seg om at 700 megabyte med lagringsplass er ledig på harddisken før de prøver å installere spillet.